Akt założycielski Bydgoskiego Funduszu Poręczeń Kredytowych sp. z o.o. miał miejsce 24 lutego 2003 r., a jedynym właścicielem spółki było Miasto Bydgoszcz. We wrześniu 2004 roku drugim udziałowcem Funduszu stał się Bank Gospodarstwa Krajowego w Warszawie. Skutkowało to podwojeniem kapitału zakładowego, co za tym idzie wzrostem liczby i wartości udzielanych poręczeń.
w 2005 r. Fundusz podpisał umowę o dofinansowanie kwotą 5 mln złotych ze środków Europejskiego Funduszu Rozwoju Regionalnego w ramach Sektorowego Programu Operacyjnego Wzrost Konkurencyjności Przedsiębiorstw - poddziałanie 1.2.2: Dokapitalizowanie funduszy poręczeniowych. Projekt został rozliczony w 2008 roku.
W 2006 roku Spółka zmieniła siedzibę – od tej pory mieści się przy ul. Gdańskiej 32 w Bydgoszczy (wcześniej Jezuicka 2).
W roku 2008, Fundusz został dokapitalizowany przez Miasto Bydgoszcz wkładem pieniężnym oraz aportem postaci lokali (przy Gdańskiej 32). W konsekwencji kapitał zakładowy Funduszu wzrósł z 2.999.000 zł do 5.047.000 zł wzmacniając tym samym możliwości udzielania poręczeń na rzecz mikro, małych i średnich przedsiębiorstw.
Po staraniach Funduszu i po przejściu kompleksowej oceny finansowej dokonanej przez Bank Gospodarstwa Kredytowego, drugi z udziałowców, również dofinansował bydgoski Fundusz kwotą 1 mln zł w maju 2011 r.
Wzmocnienie kapitałowe Funduszu jest istotnym elementem wsparcia lokalnej przedsiębiorczości. Wynikiem działań było podpisanie umowy z Marszałkiem województwa Kujawsko-Pomorskiego, dzięki której udzielane przez nasz Fundusz poręczenia kredytów i pożyczek, od października 2009 r. były współfinansowane z Europejskiego Funduszu Rozwoju Regionalnego w ramach Osi priorytetowej 5 Wzmocnienie konkurencyjności przedsiębiorstw Działania 5.1 Rozwój instytucji otoczenia biznesu Regionalnego Programu Operacyjnego Województwa Kujawsko – Pomorskiego na lata 2007 – 2013. Pozyskanie środków na rozwój działalności poręczycielskiej (alokacja wynosząca 13.157,4 tys. zł) jest efektem pozytywnej oceny naszego projektu: Zwiększenie efektywności transferu środków UE do lokalnego sektora MSP, poprzez dofinansowanie Bydgoskiego Funduszu Poręczeń Kredytowych Sp. z o.o.
Od listopada 2012 r. beneficjentami Funduszu mogą być przedsiębiorcy posiadający siedzibę lub koncentrujący prowadzenie działalności gospodarczej na terenie miasta Bydgoszczy lub pozostałych jednostek samorządu terytorialnego województwa kujawsko-pomorskiego.
W dniu 15 lipca 2014 r. Zwyczajne Zgromadzenie Wspólników Bydgoskiego Funduszu Poręczeń Kredytowych podjęło jednogłośnie decyzję (w obecności notariusza) o dokapitalizowaniu spółki przez miasto Bydgoszcz poprzez objęcie 1992 nowych udziałów o wartości nominalnej 753 zł, o łącznej wartości 1.499.976 zł za kwotę 1.500.000 zł.
